J'avoue ne pas trop utiliser les codes mais je pense qu'il te faut bien rentrer tous les master code avant d'entrer le code de ton pokemon, pour certains, il ne faut pas un seul mais quatre master code. Ensuite as-tu laisser un espace dans tes codes, genre :
"539C7E13 DD795F72"
"1DEA3B67 6E985E0E"
Si c'est le cas, je me trompe, peut être mais je pense qu'il n'en faut pas et plutôt les écrire sans :
"539C7E13DD795F72"
"1DEA3B676E985E0E"
Enfin, je pense qu'il te faut :
1/ Lancer l'émulateur (annuler la sélection de la ROM).
2/ Entrer les codes
3/ Lancer la ROM et charger ta partie
Je ne sais pas si c'est ce que tu as fais mais bon...
Une dernière chose, les ROM n'étant pas toujours identiques, surtout entre une US, Jap ou Européenne, vérifie aussi que les codes que tu as récupérés sont bien pour la bonne version de ta ROM. Il se peux que des codes prévues pour une ROM US à la base, ne fonctionnent pas du tout sur une Jap.